Елена Бахмутова родилась 27 февраля 1962 года. Окончила в 1983 году Алма-Атинский институт народного хозяйства (НарХоз), по специальности «Экономист».
С 1984 годо – экономист научно-исследовательского экономического института планирования и нормативов при Госплане Казахской ССР.
В 1989 года – старший экономист Министерства социального обеспечения Казахской ССР.
С 1991 года – экономист кинохозяйственного объединения «Елим-Ай».
С 1992 года – ведущий, главный экономист, начальник отдела, заместитель начальника департамента по социальной сфере, заместитель директора бюджетного департамента Министерства финансов Республики Казахстан.
С 1998 года – директор бюджетного департамента Министерства финансов Республики Казахстан.
С 2001 года – вице-министр труда и социальной защиты населения Республики Казахстан.
С 2002 года – директор департамента финансового надзора Национального банка Республики Казахстан.
С 2004 года – заместитель председателя Агентства Республики Казахстан по регулированию и надзору финансового рынка и финансовых организаций.
С 2008 года – председатель Агентства Республики Казахстан по регулированию и надзору финансового рынка и финансовых организаций.
С 2012 года – заместитель председателя правления АО «Самрук-Казына».
С января по ноябрь 2016 года – управляющий директор по финансам и операциям АО «Самрук-Қазына».
С 2016 года – председатель правления АО «Фонд социального медицинского страхования».
С 2018 года – председатель совета Ассоциации финансистов Казахстана.
Работала членом совета директоров ЗАО «ГНПФ», председателем совета директоров АО «Казпочта».
Является председателем совета Ассоциации финансистов Казахстана.
Кавалер орденов «Құрмет», «Парасат».
